Det finnes ingen enkeltperson (som for eksempel Luther i de lutherske kirkene) som kan sies å være grunnleggeren av baptismen. Man kan heller ikke spore bevegelsen av baptister til en bestemt dato eller hendelse. Det er ulike teorier om baptistenes opprinnelse:
1. Jerusalemteorien
Jerusalemteorien hevder at menigheten i Jerusalem var en "baptistmenighet." Det finnes ulike forklaringer på ferden gjennom århundrene. Felles for disse forklaringene er at man ikke knytter det å være baptist til navnet, men til et sett med lærepunkter. Man mener da at vi finner ulike frikirkelige bevegelser helt fra den første kristne tid og frem til i dag, som har samme lære i de sentrale spørsmål for baptistene, så som frelse, dåp, nattverd, menighetssyn, bibelsyn, trosfrihet m.m. Dette har vært den rådende oppfatningen i store deler av den baptistiske bevegelsen.
2. Anabaptistteorien.
Anabaptistene var døperbevegelse som oppstod i reformasjonstiden. Det er et klart slektskap mellom døperne i Sveitz, Tyskland og Holland og de moderne baptistene. Anabaptistene døpte på bekjennelse av tro og menighetsstrukturen er felles med den vi finner i baptistmenigheter i dag. Også læren om menneskets forhold til Gud og frelsen er felles. Anabaptistene var dessuten pasifister. En del historikerne hevder at det ikke er mulig å finne en direkte linje til dagens baptister, mens andre sier det motsatte.
3. Engelske separatister
På 1600 tallet brøt en rekke troende med den anglikanske kirke. Disse dannet nye menigheter hvor man forlangte at alle hadde tatt imot frelsen. Man så på menigheten som en pakt mellom troende, bygget på bibelen. Etter hvert så man det også slik at Bibelen krevde dåp før man kunne innlemmes i menigheten. Det oppstod to ulike grupper baptister på denne tiden. Den ene hevdet at noen var forutbestemt til frelsen, mens andre ikke var det. Den andre gruppen forkynte menneskenes frie valg. Noen mener at disse gruppene var opprinnelsen til baptismen.
Baptistisk tro og historie slik den er fremstilt av Det Norske Baptistsamfunn
Baptistisk tro og historie fremstilt av Independent Baptists i Amerika